两个小时后，在听取了负责押运赔款的官吏的汇报，长崎奉行户田氏孟低头不语。深感罪责重大的他屏退身边的小姓，带着一个近习走进了内室。
在长时间没有动静之后，内室的障门终于打开，那个近习对等候在外面的小姓和几个官员说道，出云守殿下已经切腹身亡。临终前，他留下了一封呈送幕府的遗书。
在雷神号撤离长崎的五天后，不知道从哪传出来的一条消息在长崎各町坊中开始蔓延。那些住在唐人屋敷中的清国人中出了奸细，将出云守殿下的布置透露给了大船上的夷人。所以夷人才会突然炮击长崎港和冲两番所，之后又使佐贺藩大败。
町民们对于出云守死不死和佐贺藩死多少人的问题其实不太关心。但问题是出云守殿下临死前将藏库中准备给幕府上缴的黄金都做了赔款给夷人。这样一来，官府还会继续盘剥百姓以凑足给江户的资金。
想明白了这一关节，长崎百姓的怒火就转向了那些清国商人。但唐人屋敷周围终日有卫兵把守，平民百姓根本无法接近；所以试图抗议的一群长崎百姓刚走到十善寺的山坡下，就被闻讯而来的守卫给轰了回去。
可怒火总是要发泄的。
两天后的深夜，一场突如其来的大火席卷了整个唐人屋敷。
此时“中国大院”内除了百十名尚未完成货物交割的清国商人和水手外，其余清国商人已经匆匆离港。
所幸这场大火并未造成人员伤亡，但仓皇逃离的清国商人和水手根本无力扑灭。偌大的“中国大院”最终化为一片白地，只有东南角那座关帝庙神奇的幸免于难。
在雷神号离开的十五天后，江户城在府的另一名长崎奉行土屋正延终于抵达长崎，奉命处理善后事宜。他在第一时间便看到了户田氏孟的遗书。
在这份遗书中，户田氏孟痛陈了此次事件中岛国方面反应不力的事实。“是日，晴。彼等以巨舰通过佐贺藩兵所警备之冲两番所。藩兵对此拱手旁观。此处本应有八百余人警备，但因惯于泰平之世，仅有一百四、五十人警备……对北海夷人之无理要求，命令佐贺藩烧打其船。然对方船坚炮利，铁炮凶猛，竟可连珠发射……”
由于冲两番所的驻防藩兵严重缺额且举措不力，户田氏孟在遗书中向幕府建议今后的长崎奉行应由拥有众多部下的“大身国持”出任。
自奈良时代起，岛国朝廷将天下划分为六十六个令制国。那些领地没有覆盖到一国但却是国主大名的，即为“大身国持”。以仙台藩为例，其领地不到陆奥国面积的三分之一，但规模产出却在幕府外样大名中排名第二。
（伊达重村：“怎么又是我？”）
在经过土屋正延的严密调查后，江户幕府在一个月后作出了以下处分：
佐贺藩主松平（锅岛）肥前守治茂，由其名代（大名代表）前往老中田沼意次的江户役所，就其守备兵远远低于定额，忽于职守，大败亏输一事做出解释。
两个月后，幕府解除了佐贺藩当年的警备任务，由福冈藩接替。
彼时幕府内部有一些人开始高喊要实行除清朝、荷兰之外的“异国船无二念打拂令”，但被老中田沼意次所阻止。
“田沼时代”实行的是类似于荷兰“柯尔贝尔主义”的重商主义措施。在田沼意次看来，要解决幕府自德川吉宗时代就积累下的庞大债务和赤字，唯一的途径就是积极利用商业资本，扶植财政。他为了促进长崎的贸易而缓和了一些规则，同时输出铜和海产替代大量外流的金银，以促进金银的输入。
虽然现在关东和陆奥在闹大饥荒；虽然某些官员“有点”腐败（腐败横行）；可这些年幕府的财政危机在自己领导下得到了有效的缓解。所以对于驱除外国船的提议，在幕府内部最后也不了了之。
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