在打败了红莲道馆的夏伯先生之后，小智等人在夏伯先生的指导下训练了几天，期间火箭队又出来捣了一次乱，不过好在事情得到了完美的解决，在那之后小智他们都是收获满满的。
这一天，他们听说这附近有做水箭龟之岛，兴奋得小霞就要拉着小智他们去看，可是当他们乘着暴鲤龙去水箭龟之岛时，他们附近的一座火山岛上传来了熟悉的声音。
“好讨厌的感觉啊×3”
又是火箭队，不过小智他们看火箭队三人组被打飞正想一走了之，谁知这时从火山里飞出来一只全身带着火焰的鸟神奇宝贝。
“这是…火焰鸟！”小刚用望远镜一看，居然是传说中的火焰鸟。
“这个地方怎么会有火焰鸟呢？”小霞听了小刚的话，很是惊讶。
“不管那么多了，难得遇到这么稀有的神奇宝贝，我要去收服它，小刚、小霞你们就慢慢过来吧。”小智见是火焰鸟，一下子就兴奋起来了，随后拿出一个高级球道，“出来吧闪电鸟，就决定是你了。”
闪电鸟一出来就看到不远处的火焰鸟，立刻明白了小智的意思，点点头带着小智朝火焰鸟飞去。小霞和小刚无奈看着飞远的小智，只能让暴鲤龙带着他们和皮卡丘、胖丁也赶紧过去。
“火焰鸟，我要收服你，和我对战吧！”闪电鸟很快飞到火焰鸟跟前，背上的小智立刻发出对战邀请。
“喔…”（别以为你收服这只笨鸟就觉得能打败我，我本事就来吧！）火焰鸟看到飞到近前闪电鸟和小智，听到小智的话后立刻展开羽翼准备迎击。
“嘎…”（你这只蠢鸟在说谁呢！看我怎么收拾你！）闪电鸟听了火焰鸟的话，将小智放到地上，立刻愤怒的飞到火焰鸟身前大叫。
这时落到地上的小智站稳后，看到远处除了小霞他们还有人来的样子，便对着闪电鸟道，“闪电鸟，我们要速战速决了。”
“喔…”（磨磨唧唧的，那边的人类你好了没有，我可走了啊！）火焰鸟看迟迟不开打，已经不耐烦了。
“那么开始吧，闪电鸟，”小智听着火焰鸟稚嫩的语气和那比闪电鸟稍小的身姿，就明白它也是个没长大的孩子，“使用高速移动，”
只见闪电鸟快速飞舞起来，火焰鸟喷出数道火焰都没命中。
“乞雨后使用电磁波。”原本还开心地耍着火焰鸟的闪电鸟闻言，立刻吐出一团水球抛到空中，接着躲开再次喷来的火焰，身上透出一圈电流击中了大雨里的火焰鸟。
“喔！”火焰鸟大叫一声，天空再次放明，可是它的身上的雨水都被蒸发干净。
“会大晴天也没用了，闪电鸟，连续十万伏特。”小智看着火焰鸟那微不可查的电火花，知道火焰鸟已经进入麻痹状态了。
“嘎！”只见闪电鸟身上放出了大量闪电打向火焰鸟，火焰鸟也连续喷出数道火焰抵挡，一时间两方僵持住了。
直到火焰鸟身上出现一串电火花闪过，它嘴里准备喷出的火焰也被打断，直接被闪电鸟的几发十万伏特打到了地上。
“闪电鸟，结束它，最大威力的电磁炮连发。”
只见闪电鸟嘴里吐出一道又一道的粗大电流打在了地上的火焰鸟上，打得火焰鸟连连惨叫，直到火焰鸟再没发出声音才停止。
“好。去吧宝贝球。”见地上被闪电鸟打得大洞里的火焰鸟已经失去战斗能力后，小智也丢出了自己的高级球，很快一阵摇晃后，高级球就传来收服的声音。
捡起火焰鸟的高级球后，看着天上正在因为打败火焰鸟而兴奋得闪电鸟，小智宠溺地笑了笑把它招呼下来道，“闪电鸟，我知道你很兴奋，可是有人要过来了，你还是先回来吧。”
闪电鸟闻言点点头，它也知道这个时候不能兴奋，反正以后有的是时间对火焰鸟兴奋，于是很听话地被小智收回宝贝球里。
收回闪电鸟后小智就朝小霞他们过来的方向走去，沿路的神奇宝贝早在看到火焰鸟和闪电鸟时就吓得不敢出来了，对小智也是避而远之。
很快小霞和小刚他们来了，听说小智收服火焰鸟了也很高兴，尤其是小刚，他还能给火焰鸟疗伤，别提多兴奋了。
不过几人知道也该走了，不然后面的人来了，麻烦就大了，很快在暴鲤龙的帮助下前往远处的岛屿休息去了。
之后这个岛屿又来了很多看到火焰鸟和闪电鸟的人，只是都来晚了，看到的都只是战斗后留下的痕迹，从此这座岛屿还流传了有火焰鸟和闪电鸟的传说。
在远处的无人岛上，小智他们见那群人都走后，小智就将火焰鸟和闪电鸟放出来让小刚帮忙治疗，虽然一开始火焰鸟有点不适，不过被小智打服的它也没有多少反抗，尤其是知道那只笨鸟也是在小智的训练和秘宝的培育下变得这么强，不禁幻象起未来自己打败它们族群的神，被一众火焰鸟美眉围着亲昵的美梦。
虽然小智不知道火焰鸟在想什么，不过看它的样子就不太对，于是出口打断了它的幻象，跟它说明会带着它一起训练，以后还会将它和闪电鸟就在一个研究所里和别的神奇宝贝一起训练，闪电鸟早就知道所以只是点点头，火焰鸟则是很期待训练也很听话地点点头。
在小刚给它们恢复健康后，小智也分析出了火焰鸟的特性是压迫感，接着小智将它们收回，几人再次出发去看水箭龟之岛。
在岛上是一只体型巨大的水箭龟率领着卡咪龟和杰尼龟们，见到水箭龟后，小智就提出用卡咪龟和水箭龟对战的邀请。
水箭龟同意后，经过一番鏖战，卡咪龟成功击败了水箭龟，它也因此进化成了水箭龟。
在给水箭龟疗伤后，小智他们留下一堆食物后就告别回到了红莲岛，在神奇宝贝中心恢复了神奇宝贝后，跟大木博士交换了下神奇宝贝后，几人就准备离开红莲岛，返回常磐市去挑战常磐道馆了。
现在小智身上带着的神奇宝贝则是，皮卡丘，闪电鸟，火焰鸟，胖丁，电击怪，火爆猴，巴大蝴，鬼斯通，肯泰罗。
小霞和小刚也将肯泰罗换了过来，将巨钳蟹和鸭嘴火龙传送回各自的道馆里，在搭船到白色海峡附近的港口后，剩下的路上他们就要肯泰罗帮忙代步早点回去了。
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