小智一行人在离开神奇宝贝鉴定考的会场后，他们再次踏上了前往红莲岛的道路，小智他们在路过一个城市时，看到了一家新开业的神奇宝贝抚养家，小霞想将自己的可达鸭在那里抚养一段时间，希望可以让可达鸭的头疼解决掉。
可是在他们遇到一个喜欢可达鸭的饭店老板后，听说只要能见到可达鸭就能免费吃蛋包饭吃到饱，小霞就想去要回了可达鸭。
不过小智他们也因此知道这个抚养家是骗人的，背后是火箭队另外的一组名为亚麻多和小三次…额，不对是小三郎的火箭队成员搞得阴谋。
后来他们配合君莎小姐，成功抓住这两个人，只是奇怪火箭队三人组似乎和他们两个也有过节，居然也一起帮忙。而且小次郎还不知道哪里收服了只口呆花也在抚养家里进化成了大食花。
之后小智又在那个城市里看到了最新的山梨博士有关神奇宝贝特性的研究资料，跟小霞他们研究了很久，终于确定了自己神奇宝贝们的特性，这还多亏了小智得到的记忆里有相关的知识，小智他们才能这么快研究明白。
小智手上的神奇宝贝中，君主蛇是唱反调，九尾是日照，美纳斯是好胜，冰精灵是雪隐，阿勃梭鲁是压迫感，火神蛾是虫之预感，皮卡丘是静电，比雕是锐利目光，巴大蝴是复眼，叉字蝠是穿透，喷火龙是太阳之力，卡咪龟是激流，妙蛙花是叶绿素，鬼斯通是漂浮，火爆猴是不服输，喵喵是技术高手，迷你龙是神奇鳞片，肯泰罗是强行，闪电鸟是静电，呆呆兽是我行我素，大舌贝是坚硬盔甲，火精灵是引火，化石翼龙是坚硬脑袋，胖丁是好胜，电击怪是静电。
小霞手中的神奇宝贝是，宝石海星是自然回复，巨钳蟹是强行，暴鲤龙是威吓，墨海马是悠然自如，肯泰罗是威吓，露力丽是大力士，可达鸭是无关天气，菊石兽是悠然自如，波克比是超幸运。
而小刚的神奇宝贝则是，大岩蛇是坚硬脑袋，隆隆石是坚硬脑袋，大嘴蝠是精神力，肯泰罗是威吓，六尾是引火，鸭嘴火龙是火焰之躯，化石盔是悠然自如。
在了解了自己神奇宝贝的特性后，为了配合这些特性，小智和小霞很多训练计划都发生了改变。至于小刚，对他来说这是个了解神奇宝贝的知识罢了。
在前往红莲岛的路上，小智一行人来到了一个三岔路口，这时阿彻开口道，“那我们就在这里分手吧，接下来我想去拍摄山上的神奇宝贝。”
“是吗？！”小刚没想到才认识不久的同伴这么快就要分开了。
“那太遗憾了。”小智也对阿彻离队有些可惜。
“希望我们以后还会有机会见面。”小霞已经期待下次的相聚了。
总之和阿彻分手之后，小智他们又再度的旅行了。一行人为了得到红莲道馆的徽章，小智等人来到一个港口，登上了一艘通信船前往了著名的红莲岛。
只是几人没想到的是，在船上他们又碰到了一个熟人，“哎呀呀呀，我还在想怎么会有这么土的人呢，搞什么，这不是小智吗？”正是小茂，只是他现在却是一副很像上次蓝普鲁奇市里遇到的旅游打扮，当然他的美女军团还是一如既往地站在他身后。
“小茂？你这是什么打扮啊？”小智看着小茂的打扮有点摸不着头脑了。
“这里只有你们的衣服最奇怪，不信你们去甲板上看看。”小茂看小智的样子已经大概明白了。
心怀疑惑的小智等人来到甲板上一看，上面的人都是一副旅游打扮，“这…这是什么气氛啊？他们都是神奇宝贝的训练家吗？”小智更加蒙圈了。
“搞什么啊？小智，你不知道吗？红莲岛是神奇宝贝训练家的憧憬之地，这都成为过去了，现在红莲岛是以温泉而出名的观光圣地。”小茂不知道什么时候已经在一张沙滩椅上躺好了。
“啊？观光圣地？”小智彻底蒙圈了。
“现在我们已经计划到那里的温泉消除战斗疲劳呢。”小茂惬意地说着。
“小茂，你这个样子可不能得到红莲道馆馆主夏伯先生的认可啊。”小智觉得小茂太松懈了。
“我问你们，红莲岛还有红莲道馆吗？”小茂没有回答小智的话，反而问了他身边的美女军团，这群美女听后其其回答，“没有，没有…”
“这怎么可能？”小智不敢相信道。
“小智怎么办？”小刚也没想到地图上著名的红莲道馆所在的红莲岛，这个神奇宝贝训练家的圣地变成了观光圣地。
“没办法了，既然都上船了，我们也去那里休息一天，之后再找下一个附近的道馆进行挑战吧。”小智见此也是没有办法。
“也好，泡温泉最舒服了！”小霞闻言欢呼道。“皮卡皮”“波力”“捷克波力”皮卡丘、胖丁、波克比也开心地叫了起来。
见此，小智和小刚对视一眼后，都宠溺地笑了笑。
船刚到红莲岛，小茂他们就已经不见了，小智他们也不管他。走下船后，听着周围传来的音乐和人来人往的人潮，小智心里的一点期望还是消失了，“真的被小茂那个家伙给说中了，这里真成了观光圣地了。”
“总之我们先去逛逛吧。”说着小刚带着小智他们去了前面的购物街。
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