小智一行人告别了阿桔兄妹后，来到了野生神奇宝贝保护区，在那里他们遇到当地拉拉美族的富子，得知明天当地正在举行神奇宝贝大赛跑的比赛众人都有兴趣参加，不过富子在晚上意外受伤不能出场就让小智代替自己参加比赛。
第二天比赛皮卡丘也带着它的好兄弟卡咪龟参赛了，在一番激烈的赛跑后，虽然因为火箭队的捣乱短暂落后成第二名，不过在最后关头小火马进化成烈焰马成功赢下了比赛。
至此小智也彻底喜欢上了这种神骏的神奇宝贝，打算以后遇到合适的小火马或者烈焰马一定要收服一只。
在告别了富子后，小智等人在前往神奇宝贝原野区的路上，又帮助了君莎小姐把准备盗猎袋龙的火箭队赶跑，又给一对找寻失踪儿子的夫妻和在袋龙群生活里的小孩达朗相认。
在与他们告别后，小智一行人又走了很久终于来到了野生原野区。跟当地原野区管理人凯撒说明来自后，凯撒就带着他们走进屋里。
进屋后小智和小刚正准备接过凯撒递过来的原野球和钓竿，被他拿枪警告说明原野区规则后，才小心翼翼地接过。没办法，这次小智付了三人份的钱，所以每人都有30颗原野球和钓竿，凯撒担心被小智他们破坏了里面的生态平衡才这么做的。
这时一直在看屋里照片的小霞发出惊呼，“咦？！这个该不会是迷你龙吧！”只见小霞指着一张发黄的照片说道。
“哦，让我看看！”对于关都地区的准神，小智也很感兴趣，便和小刚一起走到小霞身边。
小霞摘下相框，指着里面的照片道，“你看这个，跟它一起拍照的是凯撒先生哎！”
不过却被凯撒一把夺走，“不对，这里才没有迷你龙呢！”然后拿着枪威逼众人离开，无奈众人只能进入原野区寻找自己喜欢的神奇宝贝，他们也能看出凯撒有着自己的苦衷。
来到原野区内，众人很快遇到了一只铁甲犀牛，小刚想收服一只送给自己即将出去旅行的弟弟，于是掏出一个宝贝球丢了过去。
结果突然出现一群肯泰罗把小刚的原野球挡住，等这群肯泰罗跑掉后，原地只剩下一个收服了肯泰罗的原野球，小刚无奈捡起，众人只好又开始寻找神奇宝贝。
又走了一段路，在一条河边遇到了正在晒太阳的大舌贝，小霞一下就喜欢上了，立刻丢出自己的原野球。
可是熟悉的一幕出现了，一群肯泰罗从他们身前跑过，原地只剩下一个收服肯泰罗的原野球。
“什么啊？！这群肯泰罗怎么回事嘛？！”小霞见此很是头痛，小智和小刚也很奇怪，只当自己等人和肯泰罗们有缘就又出发了。
这次是小智看中的一只小火马，小智可是很喜欢这种神奇宝贝，连忙丢出自己的原野球，然而…
“肯定是你们两个有问题！不然怎么会有这种事！”小智捡起收服肯泰罗的原野球，一脸古怪地说道。
“肯定是你们有问题！×2”小霞和小刚异口同声道。
三人各执己见，绝不承认是自己的原因，于是三人就约定中午到附近的山谷里的湖边休整后就各自离开收服神奇宝贝了。
临近中午约定时间，小智和皮卡丘走回了约定的湖边。
“我就说肯定是他俩有问题吧，你说对吧皮卡丘。”小智对着脚边的皮卡丘道。
“皮卡皮卡”皮卡丘也点头同意道。
原来在离开小霞和小刚之后，小智没有再遇到肯泰罗群，成功收服了一只呆呆兽和一只大舌贝。小智这只呆呆兽看上去一点也不呆，是能和小智交流的呆呆兽。
之后在湖边小智跟呆呆兽和大舌贝商量同意了以后一起进化成河马王而不是呆河马，小智也表示之后会将它们送到大木博士那里做训练，一直等到他回真新镇再将它们进行进化，这也得到了两只神奇宝贝的同意。
很快小刚和小霞也都回来了，神奇的是他们也在离开彼此后没有遇到过肯泰罗群，成功收服了神奇宝贝。小刚收服的是一只爱哭的小鸭嘴龙，小霞则是收服了一只力气很大的露力丽。
等他们刚吃完饭准备再次出发寻找神奇宝贝时，他们看到凯撒被一个奇怪的机器搞得哈哈大笑，小智让皮卡丘将机器打坏后，凯撒激动地抓住小智的肩膀道，“迷你龙呢？你们把它收服了吗？还有那个奇怪的两人一猫你们有看到吗？”
看着激动的凯撒，小智他们先是一愣，而后小智回答他道，“凯撒先生您先不要激动，我们并没有遇见您口中的迷你龙，还有你口中的两人一猫是…”
这时，小智还没有说完，他们身后就传来熟悉的声音。
（火箭队经典台词）
“这个龙之谷的迷你龙和整个原野区的神奇宝贝，我们火箭队就接收了喵！”喵喵嚣张地说道。
“就是他们！就是他们用那个奇怪的机器逼我说出了迷你龙的线索，求求你们帮我赶走他们！求求你们！”凯撒说道后面都快跪了，小智当然不会让这样的老人跪在自己面前，于是扶住他点头同意帮忙。
以后武藏和小次郎放出来阿柏怪和双弹瓦斯，虽然这两只进化后变得有点难缠，不过很快还是被小智用火恐龙将它们击败。
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