离开神奇宝贝中心后，以成为世界第一的神奇宝贝大师为目标的小智一行人再次踏上前往枯叶市的道路。
路上他们又遇到了一直跟在他们后面的火箭队三人组，多次的对战让火箭队三人组也变得有点难缠，不过小智还是用皮卡丘和小火龙打飞了他们，小火龙也对小智更加信服。
而现在走在路上的小智由于最近收服了几只心仪已久的神奇宝贝，带着皮卡丘的样子都有点飘飘然。而身后的小霞和小刚看着少有露出孩子模样的小智，也对视笑了笑快步跟在后面。
只不过走着走着三人突然感到脚下土地一松，还没来得及反应便掉入陷阱里面。“讨厌，为什么道路中间会有一个陷阱啊？！”小霞看着掉入陷阱的几人立刻不满道。
“难道又是火箭队他们几个干的？”小刚猜测道，至于说“又”，那是因为在这之前小智他们已经被火箭队他们用陷阱坑了好几次了。
不过这次小刚明显猜错了，只听到传来一阵脚步声后，洞口处探出几个带着墨镜的光头对着小智他们坏笑着，是几只杰尼龟。
“是杰尼龟，不过这里怎么有这么多只？”小刚认出是杰尼龟，不过很疑惑这里会遇到这么多杰尼龟。
小智看着这几只杰尼龟坏笑的样子，不由得说道，“看它们的样子，性格真是恶劣呢。”而后对着杰尼龟它们说道，“你们做这么过分的事情是要受到教训的，上吧皮卡丘就决定是你了。”
皮卡丘用力一跳就跳出陷阱，杰尼龟军团则是连忙后退与皮卡丘对峙起来，小智他们也赶紧往上爬出陷阱。
“皮卡丘使用十万伏特。”一出来就看见对峙的场面，小智立刻下令攻击为首带着三角墨镜的杰尼龟。
只见强烈的电击打向杰尼龟老大，却被一旁的一只杰尼龟用身体挡下，顿时失去战斗能力。
“杰尼杰尼，杰尼…”（振作一点啊，可恶…）杰尼龟老大气愤地看着皮卡丘。
“皮卡”（怎样？）皮卡丘拽拽地看着杰尼龟。
“杰尼杰尼”（要打吗？）杰尼龟老大凶恶的瞪着皮卡丘。
“皮卡”（谁怕谁啊）皮卡丘毫不示弱地回瞪着杰尼龟。
双方对视并没持续多久，杰尼龟老大就听到了熟悉的警笛声，立刻下令其他几只杰尼龟带着受伤的杰尼龟逃走了。
“什么啊，这些家伙？”小智等人愣愣地看着逃跑的杰尼龟们，接着就看到开着警用摩托车的君莎小姐。
“你们几个怎么样？有没有受伤啊？”君莎小姐看着几人，微笑着开口问道。
“君莎小姐…”刚想说什么的小智就被一旁冲来的小刚给打断了。
“哦，美丽的君莎小姐，小生名叫小刚，在这里遇到你一定是上天的安排，请你一定要和我约会…”小刚抓着君莎小姐的手说道，不过还没说完就被小霞扯着耳朵走到了一边，“你又来了，不要打扰别人工作知道吗？！”
“知道了知道了，小霞你松手，快松手…”小刚被扯的直喊痛。
“咳咳，君莎小姐你别介意，我这个朋友人不是变态，请你和我们说下这些杰尼龟的情况吧。”看着被这一幕给愣住的君莎小姐，小智无奈咳嗽了两声向君莎小姐询问道。“皮卡丘”皮卡丘也无奈的看着小刚。
“没关系，至于你问得问题，你们和我来吧…”君莎小姐回过神，笑着表示并不在意，而后带着众人来到附近的村子，路上也给他们说明了情况。
原来这些杰尼龟叫做杰尼龟军团，虽然是野生的神奇宝贝，不过全部都是被主人抛弃的神奇宝贝，他们到处恶作剧，使村子上的人都很困扰呢。联盟对此也很头痛，只是这种事根本不能杜绝，于是只能派遣附近的护林员、君莎小姐或者乔伊小姐帮忙照顾。
而对于杰尼龟军团其实村上的人们和君莎小姐都很心疼，不然就不会困扰而是直接驱逐。杰尼龟们也能感受到，所以对人类很伤心的它们也只是在村子里涂鸦或者抢一点水果之类的恶作剧来戏弄村民。
对此君莎小姐也心疼道，“如果当初它们遇到好的神奇宝贝训练家的话，那么现在它们就不至于变成那个样子了。”闻言小智他们都沉默了，毕竟说到底都是他们人类的错。
在一家餐厅吃过午饭后，小智他们就看到附近的一家商店发出巨大的声响，众人赶忙跑过去查看情况。
却只见到火箭队的武藏和小次郎抱着一箱东西跳上热气球跑掉了，而后从店家口中得知，火箭队抢走了不少的火药，担心出事的小智等人赶紧放出自己的飞行神奇宝贝去寻找火箭队。
过了一会儿，几只神奇宝贝回来后，比比鸟表示已经发现火箭队了，小智等人和赶过来的君莎小姐一起跟着比比鸟去寻找火箭队了。
之后众人来到一个山谷口，正好看到杰尼龟军团被火箭队三人组用炸弹炸的四处乱跑。
“这是怎么回事？”君莎小姐惊讶道。
（火箭队经典台词）
“今天我们要把这群可恶的杰尼龟炸上天！”
“这是对它们抢走我们珍贵午餐和戏弄我们的惩罚！”
“所以你们这群碍事的家伙都给我闪边去喵！”
看到谷口的小智一行人，火箭队三人组浑不在意，依旧对着杰尼龟军团丢着手中的炸弹。
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